為保障民眾既有合法權利，內政部在2020年8月27日部務會報通過「實施國土計畫管制所受損失補償辦法」草案，預計2025年公告國土功能分區圖後，非都市土地上既有合法建築物或設施，如須配合遷移，政府將主動發給「遷移補償費」；若既有合法可建築用地變更為非可建築用地的權利受損，也可申請「變更補償費」，以兼顧民眾權益及國土永續。
 
內政部表示，目前非都市土地是依據「區域計畫法」管制，過去在辦理土地編定作業時，是以現況編定為主，欠缺完整國土規劃，導致有可能將環境敏感地區土地編定為建築用地的情形。
 
為確保國土永續發展，依據2020年4月修正的「國土計畫法」規定，國土功能分區圖將在2025年4月30日前公告，屆時將明確區分發展範圍，確保未來土地開發利用不再誤用環境敏感地區或優良農地。
 
配合國土保育遷移　主動發給補償
 
內政部指出，「國土計畫法」就既有合法建築物或設施，是以維持原來合法使用為原則，但若不符合未來國土計畫土地使用管制規定，且有國土保育保安需要時，這次新訂的補償辦法規定，直轄市、縣(市)政府將主動發給「遷移補償費」，包含建築物或設施、農作改良物、墳墓、動力機具、生產原料或經營設備、水產養殖物、畜產、原居住人口及營業損失等，才能請民眾配合搬遷，降低對民眾權益的影響。
 
建築權利受損　可申請變更補償
 
補償辦法也規定，原本區域計畫法的「可建築用地」，包含甲、乙、丙、丁種建築用地、遊憩用地等，若經直轄市、縣(市)國土計畫變更編定為「非可建築用地」時，對於受損的建築權利，土地所有權人可於國土功能分區圖公告屆滿1年後，申請「變更補償費」。
 
「變更補償費」是以變更前、後土地價值差額進行計算，土地並不會被徵收，仍然歸土地所有人所有，但經補償後，將不得再申請建築。
 
內政部強調，遷移或變更都涉及人民財產權，一定會審慎處理，相關用地變更都會依規定辦理公開展覽及公聽會，聽取各界意見，並經地方和中央國土計畫審議會審議通過後，才會定案。未來也將持續掌握補償可能發生的樣態、分布區位及規模，研訂補償費相關配套措施，編列所需預算，以保障民眾權益。