房地合一課稅新制上路後，適用新制的個人房地交易損失，可自交易日後三年內的房地交易所得減除，但國稅局提醒，可減除的金額以國稅局核定損失金額為準，納稅人在申報時要多加注意，以免遭剔除補稅。

財政部南區國稅局舉例，張先生2017年7月1日買進A房地、2018年2月1日登記出售。張先生買進成本550萬元，再加上其他改良費用等130萬元，合計680萬，最後賣出價款為600萬元，因此申報損失80萬元。不過國稅局並未全數核認損失，由於其中有部分費用未檢附憑證，遭國稅局剔除，最後核定交易損失為50萬元。

假設張先生後續在2019年8月1日出售另一符合房地合一新制的B房地，交易所得300萬元，此時可減除的A房地交易損失金額，應為50萬元，而非張先生原先申報的80萬元。