北區國稅局表示，除了一般的正規房屋之外，坊間也常見農舍、頂樓加蓋等違建形態，這類建築並不能辦理建物所有權登記，但是仍然要注意房地合一稅申報義務，以免遭補稅處罰。

官員指出，對於近年新的不動產而言，多半都會辦理合法的所有權登記，但是仍然有許多早年的老房子，主未辦理建物所有權登記，甚至是違法農舍、頂樓加蓋等不能辦理所有權登記的形態，這類房屋若要轉手，同樣會面臨房地合一稅的問題。

官員表示，北區國稅局轄區內最近有個案例，民眾在2015年買了一棟未辦登記的房屋，在2016年6月1日就馬上脫手，屬於房地合一稅的課稅案件，但是由於這棟房交易時，不需要辦所有權移轉登記，民眾誤以為也不必申報房地合一稅，遭國稅局補稅90萬元、罰鍰45萬元。

官員表示，這類未辦房屋登記的房屋，無論是違建或是老房子，其實可能都有房屋稅稅籍、有在納房屋稅，但無論是房屋稅、房地合一稅課稅標準，都跟建築是否合法無關，而是依據房屋使用、交易狀況課稅。