因應《工廠管理輔導法》修法，其中規範農地農用，不可新設工廠，而屬低汙染且在2016年5月19日前設立的既有未登記工廠，將依照「全面納管、就地輔導」原則處理，分納管、改善、登記、用地變更等4階段處理，2016年5月20日後設立者不在此列，應自行拆遷，否則將斷水、電並強制拆除，8月起台南市經濟發展局也開始針對市內2萬多筆農地進行清查，未來將依結果分級分類處理，呼籲業者不能有僥倖心態。

《工廠管理輔導法》修法通過後，為健全未登記工廠管理，經濟部正研擬相關配套子法，預計將在明年初施行，南市經發局表示，後續將依子法規定，秉持「依法行政、公開透明」原則，受理未登記工廠納管及後續特定工廠登記事宜。

經發局指出，為因應明年工輔法修法施行，正針對經濟部所提供的航照資料圖，全面清查農地上的未登記工廠，預定今年11月底完成清查，截至9月底以經查出700多家，統整資料後分級分類以利後續處理。

經發局未來也將委外成立輔導團，協助廠商申請納管、提交改善計畫、特定工廠登記、土地合法化的相關事宜，並輔導既有中、高汙染未登記工廠轉型或遷移，並規畫舉辦15場分區說明會公布相關資訊，讓業者有官方及合法管道可利用。

另外，經發局的工商行政科在永華、民治行政中心將設單一窗口，提供納管、改善計畫、特定工廠、土地合法化等申辦案件受理服務，每周2次在永華工商行政科，辦理特定工廠改善計畫書聯合審查作業，即日起也有專線電話06-6370968供民眾諮詢。